SEELE (ゼーレ ZÄ“re?, âme en allemand) est une mystérieuse organisation secrète qui influence les gouvernements mondiaux et les Nations Unies dans la franchise Neon Genesis Evangelion.
​
La SEELE tente de mettre en place le Plan de Complémentarité de l'Homme, c'est à dire unir tous les Hommes en une seule entité pour mettre fin aux guerres et aux combats individuels de l'humanité. La Graine d'Adam (le progéniture des Anges) était à l'origine envoyée sur Terre. Mais à cause de l'arrivée de la Graine de Lilith (le progéniture de l'humanité), Adam s'est désactivé. La SEELE voit l'humanité comme les faux héritiers de la planète, et les Anges comme les vrais successeurs, les fils de Dieu. Ils travaillent pour détruire les Anges, puis unir l'humanité en Un avant de s'unir à Lilith et Adam pour devenir une partie de Dieu.
​
Le plan original de la SEELE pour l'accomplir était d'unir Lilith avec Tabris, le vaisseau de l'âme d'Adam, causant ainsi le Third Impact. Cela aurait dût, avec l'aide des treize Evangelions, accomplir le Plan de Complémentarité de l'Homme. Mais la perte de l'Evangelion Unité-03 et de l'Evangelion Unité-04, et les retards dans la construction de l'Unité-05 et de l'Unité-06, ont poussé la SEELE à construire les Evangelions Produites en Série contrôlées par le Dummy System.
​
La mort de Tabris amène la SEELE à conclure que l'Ange n'était pas "le successeur de la vie". Ceci a été justifié par les Manuscrits de la Mer Morte, car ils ne prévoyaient rien de cela. La SEELE décide aussi de ne plus espérer utiliser le pouvoir des Anges pour accomplir leurs plans.
​
​
​
​
​
​
​
​
La SEELE est toujours présente dans la continuité Rebuild of Evangelion. Le but de la SEELE est d'initier le Plan de Complémentarité de l'Homme via un "impact". Le projet vise à exterminer toute forme de vie sur Terre et de la remplacer avec des formes de vie nées avec le "Fruit de la Vie". Nous savons que le Near Third Impact faisait parti du plan de Gendo Ikari alors que le Fourth Impact était voulu par la SEELE. Son plan original était de ressusciter Lilith mais cela a échoué. Le plan de secours de la SEELE, qui implique l'Evangelion Unité-13, a lui aussi échoué.
Dans les deux premiers films Rebuild of Evangelion, la SEELE est montrée comme ayant un large contrôle sur la NERV et finance ses opérations.
Cependant, à la différence de la série animée, elle semble avoir moins de contrôle sur les événements qui se passent. Dans Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo, il est révélé que la SEELE est là depuis "le début" et qu'elle a donné à l'homme le "cadeau de la civilisation". Gendo déclare "qu'ils ont le fruit de la vie" et "qu'ils sont immortels" ce qui peut indiquer qu'ils sont liés aux Anges d'une certaine manière. Vers la fin du film, Gendo Ikari et Kozo Fuyutsuki désactivent les monolithes ce qui tuent les membres. Leur nombre est maintenant fixé au nombre de sept.
​
Le logo de la SEELE dans cette continuité est différente. Il représente un serpent autour d'une pomme entre sept yeux. Sur la pomme est SEELE, et en dessous est inscrit une devise "Überm Sternenzelt richtet Gott, wie wir gerichtet", une citation du poème "L'Ode à la joie" par Friedrich Schiller. Elle peut être traduit par "Au-dessus du dôme des étoiles, Dieu juge comme nous jugeons" [3]. Le serpent est analogie au serpent de la Genèse qui a trompé Ève (le mot "Evangelion" est dérivé du nom "Ève") pour manger le fruit interdit, représenté par une pomme.
La pomme est une référence au fruit de l'Arbre de la Connaissance du Bien et du Mal de la Bible. Les monolithes arborent un symbole dans leur dos, celui de l’œil de la providence, entouré par trois damiers. Le triangle que l'on voit en fond pourrait représenter la trinité, un symbole important dans la religion chrétienne.
